В соответствии с информацией, доведенной письмом Россельхознадзора от 14 августа 2012 г. N ФС-АС-3/10538, сообщаем, что в соответствии с "пунктом 2" Международного стандарта по фитосанитарным мерам ISPM N 12 "Руководство по фитосанитарным сертификатам" (Рим, 2001) все части фитосанитарных сертификатов и реэкспортных фитосанитарных сертификатов, как правило, должны быть заполнены. В случае если какая-то часть не заполняется, в нем вписывается слово "отсутствует" или строка должна быть вымарана (для предотвращения подделок).
В соответствии с "пунктом 4.1.6" Положения о порядке осуществления карантинного фитосанитарного контроля на таможенной границе Таможенного союза, утвержденного решением Комиссии Таможенного союза от 18 июня 2010 г. N 318 "Об обеспечении карантина растений в Таможенном союзе", фитосанитарный сертификат признается недействительным в случае, если он не полностью оформлен.
В случае если фитосанитарный сертификат является недействительным, должностное лицо таможенного органа принимает решение о направлении подкарантинной продукции для проведения досмотра товаров должностными лицами Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору или ее территориальных органов в соответствии с "пунктом 14" Правил осуществления государственного карантинного фитосанитарного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 29 июня 2011 г. N 502.
"Письмо" ФТС России от 14 июня 2012 г. N 04-37/29449 считать недействительным.

Начальник Главного управления организации таможенного оформления и таможенного контроля
генерал-майор таможенной службы
В.В.Ивин